La Francesca sorge in una conca che si apre verso il mare con tre piccoli golfi, in vista - ad est - del Parco Nazionale Marino delle Cinque Terre, un’area protetta compresa tra Punta Mesco e Riomaggiore, istituita per conservarne la biodiversità e gli habitat,

I fondali, rocciosi vicino alla linea di costa e sabbiosi in profondità, sono di una bellezza sorprendente per la ricca presenza di animali e vegetali.

I numerosi  banchi i di Posidonia, il "polmone verde del Mediterraneo", grazie alla capacità di ossigenare le acque hanno creato rigogliose praterie sottomarine.

Un’altra presenza che rende unica questa costa è il passaggio di delfini e balene: per questo il mare antistante il Villaggio è inserito nel "Santuario dei Cetacei", un'area protetta internazionale di recente istituzione.